Danganronpa lấy bối cảnh tại ngôi trường Kibougamine-nơi được xem là học vện của sự hi vọng, bởi lẽ nó có thể đem lại tương lai rực rỡ cho các học viên theo học ở đây. Nếu muốn nhập học, học viên phả có một tài năng xuất chúng trong nhiều mặt như thể dục thể thao, văn học, kĩ thuật điện tử,...Chính vì thế số học viên ở đây chỉ đếm trên đầu ngón tay.
    Nhân vật chinh của chúng ta, Naegi Makoto, là một nam sinh trung học bình thường, không có tài năng gì đặc biệt nhưng lại cực kì may mắn (hoặc cực kì xui xẻo) khi nhận được chiếc vé nhập học vao trường Kibougamine thông qua một máy quay giải thưởng. Khi đến nhập học, chào đón anh không phải là niềm hi vọng anh hằng mong ước mà lại là sự tuyệt vọng. Anh và 14 học sinh khác bị nhốt trong trường Kinougamine, không một lối thoát. Một con gấu tên là Monokuma tự nhận mình là hiệu trưởng của ngôi trường này thông báo rằng, các học viên phải giết lẫn nhau để "tốt nghiệp'' và thoát ra khỏi ngôi trường Kibougamine...